Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHI  → Věda a výzkum → SVK → SVK 2019
iduzel: 49230
idvazba: 55649
šablona: stranka_galerie
čas: 1.12.2022 04:23:24
verze: 5243
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-prihlasovadlo.vscht.cz/svk/?year=2019&faculty=FCHI
branch: trunk
Server: 147.33.89.150
Obnovit | RAW
iduzel: 49230
idvazba: 55649
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'fchi.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/veda-a-vyzkum/svk/2019'
iduzel: 49230
path: 8547/4156/1393/1886/8576/8614/49230
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Studentská vědecká konference 2019

Harmonogram SVK 2019

  • Vyhlášení SVK 2019
  • Uzávěrka podávání přihlášek: 21. 10. 2019
  • Uzávěrka nahrávání anotací: 8. 11. 2019
  • Datum konání SVK: 21. 11. 2019 - VÝSLEDKY

Sborníky

Děkujeme všem sponzorům SVK 2019 na FCHI!

Hlavní sponzoři


Zentiva_Logo.svg (šířka 450px)
šířka 215px

šířka 215px

šířka 215px

Sponzoři

šířka 215px šířka 215px
Optik (šířka 215px) šířka 215px
bighub logo (šířka 215px) eaton_logo_claim_rgb (šířka 215px)
šířka 215px šířka 215px
pinflow_logo (šířka 215px) šířka 215px
šířka 215px šířka 215px
šířka 215px šířka 215px
šířka 215px Logo_White_Anton_Paar_RGB (šířka 215px)
bre (šířka 215px) chemoprojekt (šířka 215px)
šířka 215px  
šířka 215px logo shimadzu (šířka 215px)
spolchemie (šířka 215px) šířka 215px
kapaji_logo_sub (šířka 215px) šířka 215px
šířka 215px vwr_logo_rgb (šířka 215px)
LIM-logo_RGBOPTO (šířka 215px) logo_MERCI_CJ (šířka 215px)
pragolab logo (šířka 215px) rossum (šířka 215px)

Věcné dary

šířka 215px logo ntm (šířka 215px)
šířka 215px šířka 215px
logo_humusoft-1 (šířka 215px) šířka 215px
prof. RNDr. Petr Slavíček, Ph.D.

.

Nejste zalogován/a (anonym)

Fyzikální chemie I (A402 - 9:00)

  • Předseda: prof. RNDr. Jiří Kolafa, CSc.
  • Komise: Ing. Ctirad Červinka, Ph.D., Ing. Marcela Dendisová, Ph.D.
Čas Jméno Ročník Školitel Název příspěvku Anotace
9:00 Bc. Monika Brožíková M1 prof. RNDr. Petr Slavíček, Ph.D. Modelování fotoelektronového spektra fenylalaninu v roztoku detail

Modelování fotoelektronového spektra fenylalaninu v roztoku

Biochemické látky jsou důležité pro organismus, ne vždy ovšem známe jejich přesné úlohy. Proteiny, které jsou základem živých systémů a účastní se různých dějů, jsou tvořeny aminokyselinami. Například aromatické aminokyseliny (mezi něž patří fenylalanin, tyrosin, tryptofan,…) jsou předmětem zájmu díky jejich účasti na opravě oxidativního poškození DNA. Jedním ze základních parametrů jsou v tomto kontextu veličiny charakterizující energetiku oxidace (např. ionizační energie nebo redoxní potenciál). Nejpřímější cestu ke získání těchto dat představuje fotoemisní spektroskopie. V minulosti se tato spektra dala v dostatečné přesnosti získat jen v plynné a pevné fázi, neboť detekce elektronů vyžaduje vysoké vakuum během měření, což není dosažitelné pro těkavé kapaliny. Ovšem biochemické molekuly se v organismech převážně vyskytují v nativním vodném prostředí. Tento problém vyřešila technika kapalných mikrotrysek, která se v posledních letech rozvíjí a umožňuje měřit fotoemisní spektra roztoků. Získaná experimentální data je však nutné interpretovat za pomoci teoretických modelů. V práci se zaměřuji na modelování fotoelektronového spektra molekuly fenylalaninu v roztoku. Získaná data je pak možné porovnat s dostupnými experimenty.
9:20 Bc. Jakub Smutek M2 RNDr. Mgr. Jan Heyda, Ph.D. Calculation of hydration free energies of hydrophobes using LCW coarse-grained model detail

Calculation of hydration free energies of hydrophobes using LCW coarse-grained model

Hydrophobic effects play an important role in physical phenomena such as membrane formation or protein folding. Despite their importance these effects are rather poorly understood. The quantity of central importance in the description of hydrophobicity is the solvation free energy. It may be estimated via all-atom molecular dynamics simulations, however, these tend to be computationally very expensive for large molecules. Therefore in many applications, it has become common to employ coarse-grained models for a description of solvent degrees of freedom. In this work, we utilize the Lum-Chandler-Weeks (LCW) coarse-grained model to estimate free energies of solvation of various hydrophobic entities such as hard spheres of varying radius or a long hydrophobic polymer chain. We then compare the results of the LCW model to the results of detailed atomistic simulations. We find reasonable agreement for most of the studied systems.
9:40 Bc. Michal Belina M2 prof. RNDr. Petr Slavíček, Ph.D. Na cestě k vibronickým spektrům velkých molekul: příběh radikálového kationtu antracenu detail

Na cestě k vibronickým spektrům velkých molekul: příběh radikálového kationtu antracenu

Předmětem této práce je implementace a testování rozdílných přístupů pro modelování elektronových spekter s vibračním rozlišením. Tato oblast představuje pro teoretické chemiky obtížný problém, obzvlášť jedná-li se o velké molekuly. Detailně rozlišená vibronická spektra přitom mohou být užitečná při rozpoznávání složitých látek nacházejících se mimo lidský dosah, např. zdrojových molekul difúzních interstelárních pásů. V této práci studuji antracen a jeho radikálový kationt jakožto zástupce polyaromatických uhlovodíků vyskytujících se v mezihvězdném prostředí. Studium těchto látek v optimalizovaných geometriích základního stavu a excitovaných stavů je schopno poskytnout vibronické rozlišení, nicméně optimalizace excitovaných stavů je náročná kvůli výskytu velkého množství lokálních minim a pravděpodobnému křížení stavů. Absorpční spektra získaná pomocí tzv. reflexního principu zase nejsou schopna dodat vibronické rozlišení. Proto jsem se rozhodl použít nový přístup, tzv. dephasing representation, jehož použití testuji prostřednictvím moderních semiempirických metod spojených s multi-referenčním popisem.  
10:00 Bc. Adam Šrut M1 RNDr. Mgr. Jan Heyda, Ph.D. Computing infrared spectra of Re complex in polar solvents from ab-initio dynamics detail

Computing infrared spectra of Re complex in polar solvents from ab-initio dynamics

Complex fac-[ReCl(bpy)(CO)3] (bpy = 2,2'-bipyridine) belongs to a group of photosensitive compounds which are presented in recent studies for their applications in solar energy conversion (Grätzel photoelectrochemical cell) or as compounds, which possess solvent-dependent emission (light switches). In this work, we employ ab-initio MD simulations to investigate explicit solvent interactions that affect the infrared spectrum of Re complex and are beyond mean-field (PCM) solvent description. Two different methods for computing IR spectra from MD simulation data are discussed.
10:20 Bc. Stanislav Chvíla M2 prof. RNDr. Petr Slavíček, Ph.D. Modelování tripletní reaktivity karboxypterinu: Druhá iterace detail

Modelování tripletní reaktivity karboxypterinu: Druhá iterace

Dynamicky se rozvíjející obor chemie atmosféry je poháněn chemií odehrávající se na fázových rozhraních vodních aerosolů. In silico modelování excitovaných stavů molekul je cestou k objasnění pochodů, které jsou obtížně proveditelné v laboratořích. Touto prací jsou prošetřeny poslední výpočetní protokoly vedoucí k disociačním konstantám a redoxním potenciálům, které byly dosud publikovány, na modelovém příkladu 6-karboxypterinu a jeho tripletního stavu. Výsledky jsou porovnány s předchozími běžnými protokoly, které byly prošetřeny dříve. Dále se tato práce zabývá principy modelování solvatační energie molekul a možnými cestami k jejímu získávání.  
10:40 Bc. Denis Zadražil M2 RNDr. Mgr. Jan Heyda, Ph.D. Building Markov state models for hydrophobic polymer chain collapse detail

Building Markov state models for hydrophobic polymer chain collapse

Folding or collapse transitions are prominent examples of rare events, during which a biomolecule (protein or polymer) transforms from one stable state to another. The transition is typically few orders of magnitude faster than the lifetime of the stable states, resulting in poor sampling efficiency of direct MD simulations. In contrast to well defined protein native fold, rich ensemble of globular states must be considered for polymers. Moreover traditional variables used in polymer physics describe     polymer collapse pathways only crudely. In this contribution we have utilized a purely hydrophobic polymer to investigate the generic collapse transition in aqueous solutions. Employing long direct MD simulations, the high-dimensional data (hundreds of polymer state descriptors) were transformed using time-lagged independent component analysis (TICA) method into few collective variables. Transformed data were clustered into a set of Markov states. Transitions among these states were counted and the transition matrix constructed. This model suggests two distinct collapse mechanisms with hairpin-like and roll-up transition states. This work presents a first step towards quantitative investigation of kinetic properties of role model thermoresponsive polymer     PNIPAM.
11:00 Bc. Jan Poštulka M2 prof. RNDr. Petr Slavíček, Ph.D. Fotodisociace a rekombinace peroxidu vodíku detail

Fotodisociace a rekombinace peroxidu vodíku

Rozvoj metod pro modelování molekul v solvatovaných systémech je jedním z ústředních cílů výpočetní chemie současnosti, neboť většina chemicky zajímavých dějů se odehrává v roztoku, zatímco teoretické metody založené na kvantové teorii poskytují primárně výsledky pro molekuly ve vakuu. V práci se zabývám studiem solvatovaného peroxidu vodíku, jeho fotodisociace a případné rekombinace vzniklých radikálů. Peroxid vodíku je významnou molekulou v různých dějích v zemské atmosféře, při sterilizačních procesech v medicíně, čištění vody a dalších oblastech. V mé práci pak především slouží jako modelový chromofor pro vývoj nových metod a implementaci nových programů do současného výpočetního aparátu naší laboratoře.  Solvatovaný peroxid simuluji pomocí metod typu QM/MM, kdy je systém rozdělen na dvě části. Jedna je popisována výpočetně méně náročnou molekulovou mechanikou a druhá pak v rámci kvantové teorie za použití vybrané výpočetní metody. Tento přístup dovoluje studovat systém dostatečně velký na to, aby bylo zahrnuto značné množství solventu a simulace tak dobře popsala podmínky v roztoku. Cílem mé práce je pak propojení multireferenčních metod, popisující excitované stavy molekul, se zmíněným QM/MM modelem a následná studie fotochemie peroxidu vodíku ve vodném prostředí.  

DSC_9260
DSC_9264
DSC_9262
DSC_9266
DSC_9265
DSC_9270
DSC_9276
DSC_9275
DSC_9268
DSC_9259
DSC_9278
DSC_9304
DSC_9301
DSC_9305
DSC_9303
DSC_9340
DSC_9342
DSC_9346
DSC_9347
DSC_9320
DSC_9326
DSC_9325
DSC_9323
DSC_9364
DSC_9366
DSC_9363
DSC_9313
DSC_9317
DSC_9352
DSC_9356
DSC_9351
DSC_9355
DSC_9353
DSC_9330
DSC_9334
DSC_9332
DSC_9336
DSC_9370
DSC_9372
DSC_9375
DSC_9377
DSC_9308
DSC_9309
DSC_9329
DSC_9319
DSC_9358
DSC_9378
DSC_9379
DSC_9280
DSC_9285
DSC_9283
DSC_9287
DSC_9290
DSC_9291
DSC_9295
DSC_9293
DSC_9297
DSC_9298

Aktualizováno: 28.11.2019 18:49, Autor: Jitka Čejková

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Za informace odpovídá: Fakulta chemicko-inženýrská
Technický správce: Výpočetní centrum

Copyright VŠCHT Praha
zobrazit plnou verzi